Tra il 1960 e il 1996 imperversò una guerra civile in cui si scontrarono gli interessi delle classi agiate urbane, discendenti dai colonizzatori, e quelli dei ceti poveri e dei campesiños di etnia maya, sparsi nei villaggi delle zone rurali.
Negli anni ’80 le violenze si intensificarono, fino a culminare nello sterminio della comunità Maya da parte dell’esercito, condotto dal dittatore Efrain Rios Montt.