Nasce a Teheran il 31 gennaio 1960. Scrittore e giornalista, cresce in una famiglia di forti tradizioni religiose e di condizione sociale modesta. Negli anni giovanili consegue un Master in Comunicazione, partecipa alla Rivoluzione iraniana ed entra nello staff del Ministero dell'Intelligence della Repubblica islamica d'Iran.
A metà degli anni '90 perde fiducia nel regime perché - dice - vede "diffondersi il fascismo e il sospetto verso chiunque ponga domande". Lascia quindi il suo incarico e diventa giornalista d'inchiesta. Riporta una serie di omicidi di dissidenti liberali detta “la catena di omicidi di Teheran”, di cui accusa apertamente eminenti personaggi del regime. A causa di questi articoli, e della partecipazione a una conferenza sul futuro dell'Iran tenutasi a Berlino - dove, secondo il regime iraniano, si è fatta “propaganda anti-islamica” - viene incarcerato dal 2001 al 2006 nella durissima prigione di Evin. Qui scrive un manifesto politico in cui propugna il boicottaggio delle elezioni presidenziali per sostituire la teocrazia dominante con un governo democratico e laico.
Nel corso della detenzione Ganji intraprende due duri scioperi della fame che mobilitano le principali organizzazioni per i diritti umani e importanti personalità internasionali. Da una di queste proteste esce con “danni cerebrali irreversibili”. Tra i suoi avvocati figura il premio Nobel per la Pace Shirin Ebadi.
Nel corso della sua carriera viene insignito dei premi "Penna d'oro" dell'Associazione Mondiale dei Giornali, "Premio Internazionale della Stampa Libera" dei giornalisti canadesi, "Premio Martin Ennals per i difensori dei diritti umani" e "Premio John Humphrey per la Libertà". I suoi articoli vengono raccolti in alcuni libri di cui uno, pubblicato negli Stati Uniti con il titolo di The Red Eminence and the Grey Eminences, viene definito dal Washington Post “l'equivalente iraniano di Arcipelago Gulag di Aleksandr Solzhenitsin”.
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