Hüseyin Nesimi Bey nasce nel 1867 (1868 secondo alcune fonti) a La Canea, sull’isola di Creta all’epoca ancora sotto al dominio ottomano. Figlio dello sceicco Fatinizade Ahmed, appartenente alla confraternita Bektashi della corrente islamica Qādiriyya, compie gli studi primari alla scuola islamica di La Canea. Trasferitosi ad Istanbul per frequentare il Liceo Galatsaray Mekteb-i Sultanisi, la scuola più antica della Turchia, si iscrive successivamente alla facoltà di scienze politiche del Mekteb-i Mülkiye, consegue il diploma nel 1888 e parla fluentemente turco, greco, francese ed è capace di leggere l’arabo e il persiano. Durante il periodo universitario si affilia al movimento rivoluzionario, fatto che gli preclude temporaneamente la possibilità di fare carriera nell’ambito civile e lo spinge a tornare a La Canea per insegnare diritto in una scuola superiore, professione che esercita negli anni 1892-93 e 1895-96. In seguito alle riforme effettuate dal sultano Abdul-Hamid II, nel 1893, Hüseyin Nesimi inizia la sua carriera in ambito pubblico, assumendo il ruolo di impiegato per la contabilità della Provincia di Creta. Poco tempo dopo, fonda a La Canea la "Società degli Umanisti Islamici Muhibbi", che avrà un ruolo importante nella storia politica di Creta e di cui Nesimi sarà Segretario generale.
Nel 1897 gli viene affidato il ruolo di impiegato in capo della contabilità per la municipalità di La Canea, posizione che lascia nel 1899 in seguito alla sua nomina a governatore del distretto di Nusaybin. Dopo alcuni mesi, sempre nel 1899, diventa governatore del distretto di Palu, carica che occupa fino al 1902, anno delle sue dimissioni in seguito a numerose lamentele e accuse di appropriazione indebita e sottrazione di denaro. Processato e assolto, torna ad Istanbul, dove lavora in maniera indipendente fino alla dichiarazione della monarchia costituzionale nel 1908. Negli anni successivi svolge ruoli da burocrate nei distretti di Namervan, Tercan, Kiğı, Vilçetrin, Premedi, Avlonia, fino alla sua nomina a governatore di Savur nell’aprile 1914 e, in seguito, a governatore di Lice, il 13 gennaio 1915. Alcuni mesi dopo, quando gli arrivano i primi ordini di deportazione e sterminio degli armeni da parte del Comitato dell’unione e progresso - il partito dei Giovani Turchi - Nesimi non viene meno alla sua visione del mondo come compartecipazione sociale, adottata quando era ancora studente. La prima reazione di Hüseyin Nesimi Bey agli ordini di deportazione è affermare: "Io non sarò complice di questo crimine", ma, in quanto governatore di Lice, è consapevole dell’impossibilità di evitare completamente le deportazioni senza che le autorità se ne accorgano. Decide, quindi, di applicarsi per garantire l’incolumità dei 5.980 armeni soggetti a deportazione forzata dal suo distretto, spesso accompagnando di persona le carovane di esiliati per assicurarsi che venissero consegnati a persone di fiducia da lui preventivamente selezionate. Non esita, inoltre, ad esporre le sue idee riguardo alla fondazione di uno "Stato Caucasico" da situarsi tra l’Impero zarista russo e l’Impero ottomano, di cui sostiene che debbano far parte anche gli armeni.
Come conseguenza delle sue inadempienze agli ordini genocidiari, Hüseyin Nesimi viene convocato a rapporto dal governatore di Diyarbakır, lo stesso Mehmet Reşit Bey considerato uno dei principali responsabili dei massacri di armeni, assiri e greci presenti nel suo distretto. Il 15 giugno 1915, mentre Nesimi è in viaggio per Diyarbakır, viene assassinato in un’imboscata tesagli dai briganti del gruppo circasso Harun, unità del Teşkilat-ı Mahsusa, l’Organizzazione delle Forze Speciali del governo ottomano, ma si ritiene che l’omicidio sia stato commissionato dallo stesso governatore Reşit Bey. Il corpo di Nesimi viene gettato in un fosso sul bordo della strada. I rendiconti ufficiali dell’epoca riportano che fu "attaccato e martirizzato da banditi armeni". Il corpo verrà successivamente seppellito dalla popolazione locale nel luogo del suo assassinio, situato nei pressi di Kocaköy, a metà strada tra Lice e Diyarbakır e che, da allora, è conosciuto con il nome di "Tomba del Sindaco".
