Nasce a Praga. Dopo il liceo, studia Filosofia, Storia e Cultura boema all’Università Carlo. Nel 1968 partecipa attivamente al Movimento studentesco, diventa presidente del Consiglio degli Studenti della Facoltà di Filosofia e fonda il Club dei Giovani Cattolici. Nel 1970 ottiene il dottorato in Filosofia, poi inizia a studiare Matematica e Fisica, laureandosi in Cibernetica teorica. Il relatore della tesi è Ivan Havel, fratello di Václav Havel:  grazie a lui entra in contatto con gli ambienti dell’opposizione. Dai primi anni ’70 organizza incontri con gli attivisti cattolici che non accettano la cosiddetta “normalizzazione” e chiedono un’estensione delle libertà civili e religiose. Terminati gli studi matematici, lavora come programmatore all’Istituto di Ricerca delle Ferrovie. Dal matrimonio con la matematica Kamila Neubauerova nascono sei figli. Nel 1976 partecipa agli incontri che daranno poi vita a "Charta ’77", di cui diviene uno dei membri più attivi. Nell'articolo La polis parallela propone di creare strutture della società civile indipendenti dal potere totalitario, “capaci, anche se in misura limitata, di svolgere una funzione utile per tutti” e chiede anche di cercare di cambiare dall’interno quelle che già ci sono, per quanto possibile. Indica nelle organizzazioni della cultura clandestina il modello per creare la “polis parallela” con scuole, circoli scientifici, centri di informazione libera, augurandosi che anche solo un parziale successo di queste iniziative possa cambiare il volto della società cecoslovacca. Per aver firmato "Charta ’77" viene licenziato dall’Istituto e inizia a lavorare come fuochista.
Nell’aprile 1978 è uno dei fondatori del "Comitato di Difesa degli Ingiustamente Perseguitati" (VONS).
Il 1 febbraio 1978 è nominato portavoce di "Charta ’77". A maggio è arrestato insieme ad altri nove membri del VONS con l’accusa di attività antistatale, sconta quattro anni di carcere. Esce di prigione il 29 maggio 1983 riprendendo immediatamente l’attività in "Charta ’77" e nel VONS. Dal 1 gennaio 1984 all’inizio del 1985 è nuovamente portavoce di Charta ’77: il suo contributo è fondamentale per lo sviluppo del movimento, indebolito dalla prigionia o dall’esilio di molti firmatari e per gli ambienti cattolici. Nel 1985 inizia la pubblicazione clandestina della rivista di orientamento cristiano “Paraf”. Oltre ad articoli e saggi politici, scrive testi filosofici e letterari, favole per bambini e lavori di matematica e cibernetica.
Nel 1988 partecipa alla stesura del manifesto Democrazia per tutti, che indica gli obiettivi politici dell’opposizione cecoslovacca e sarà la piattaforma da cui nascerà nel 1989 il Movimento per le Libertà Civili, di cui Benda è uno dei fondatori. Nel novembre 1989 istituisce il Partito Cristiano Democratico (KDS) e ne è il primo presidente. Nel1990 è eletto al Parlamento. Dal 1994 al 1998 è direttore dell’Ufficio di Documentazione dei Crimini del Comunismo. Nel novembre 1996 diventa senatore. Muore a Praga il primo giugno 1999 dopo una lunga malattia.

Libri:

Václav Benda, Lettere dal carcere, CSEO Outprints, Bologna, 1981;
Václav Havel, Václav Benda, František Lizna, Gli ostaggi sono fuggiti. Lettere dalle carceri cecoslovacche, CSEO Outprints, Bologna, 1982.