La pulizia etnica nei Balcani venne attuata durante la guerra scoppiata tra i Paesi che componevano la Jugoslavia federale (Serbia, Croazia, Slovenia, Bosnia-Erzegovina, Montenegro, Macedonia). Violenze e tensioni politiche insanguinarono l’area tra il 1990 e il 1999.
Due gli episodi più noti del conflitto nell'area: l’assedio di Sarajevo, il più lungo della storia contemporanea (dal 5 aprile 1992 al 29 febbraio 1996), e il genocidio di Srebrenica, in cui l'11 luglio 1995 le truppe del generale Mladic entrarono nella cittadina e uccisero 8372 uomini e ragazzi musulmani.